許多乙肝病人經過正規治療后，可見病毒復制指標陰轉。此時應科學、慎重地判定陰轉實質，以便有針對性地擬訂此后一段時間的治療方法和用藥。
　　
　　謹慎選藥，劑量個體化有的患者通過用藥或其他治療方法，出現乙肝病毒指標陰轉，有時甚至e抗體和核心抗體也呈陰性。這種情況多見于急性乙肝恢復后或慢性乙肝病毒攜帶者自愈。此時患者癥狀和體征明顯好轉，肝功能恢復正常并保持穩定。若原是急性乙肝，因機體免疫功能大都正常，可選1～2種藥物維持治療，如肝泰樂、齊墩果酸等，用藥時間1～2個月。若原是慢性乙肝，因免疫調節功能紊亂，難以從根本上調節機體對HBV的免疫反應，致使HBV得不到清除，則治療的關鍵是聯合應用抗病毒與免疫調控藥物，使免疫功能正常化，提高抗病毒療效。病毒復制指標陰轉后最好繼續用藥，同時再加些護肝藥。若此時停藥可能會前功盡棄。患者應該根據自身病情、病程以及各項檢查結果，請醫生幫助調整用藥種類和劑量，即應注重個體化治療。
　　
　　病毒變異，防肝纖維化有些患者雖然病毒指標陰轉，病情卻越來越重，疲乏無力，腹脹納差，面色萎黃或晦暗，出現肝掌、蜘蛛痣等。這些表現說明病毒指標陰轉的實質是病毒變異造成的，這既能導致醫生誤診，也是乙肝疫苗接種失敗的原因。因此，乙肝患者不可單純追求陰轉。發生病毒變異的乙肝患者如不加治療，肝細胞將無休止地被病毒破壞，最終可發展為肝硬化。最新研究表明，早期肝硬化是可逆的，如果能及早進行抗纖維化治療，則有利于阻止、延緩、逆轉病情發展。因此，對乙肝患者來說，抗病毒和抗纖維化治療同等重要。在此階段，不宜驟然停藥，同時也不能無限制地使用多種藥物。因為任何藥物都必須通過肝臟降解，用藥較多必然會增加肝臟負擔，對治療和預后皆不利，故用藥要有計劃，治療要有序。
　　
　　提高療效，中西藥同用目前尚無治療乙肝的特效藥物，因此，對于暫時陰轉的患者，仍應堅持保肝、提高免疫力、抗纖維化及抗病毒等治療，宜選1～2種西藥如維生素C、肌苷并配合目前臨床常用的抗病毒藥物，以達到抑制病毒復制、預防肝損傷和纖維化、促進肝功能恢復的目的。