抗菌藥物濫用的危害不僅導致藥品不良事件和藥源性疾病的發生，而且會導致對抗菌藥物的耐藥性，這樣的事有逐步增加的趨勢，嚴重威脅著人類的生命。如環丙沙星剛上市時敏感性很高，但短短幾年時間耐藥率已從零上升為60%-70%甚至更高，同時，也造成嚴重經濟負擔。

40年代，青霉素作為最早抗菌藥物，成功地解決了臨床上金黃色葡萄球菌感染的難題，隨后問世的大環內酯類，氨基糖苷類抗生素又使肺炎、肺結核的死亡率降低了80%。那時，曾有人斷言，人類戰勝細菌的時代已經到來。當時，全球每年死于感染性疾病的人數約為700萬。但是，四十年后這一數字猛增至2000萬。

老一代的抗菌藥物失去了原有作用，新一代的抗菌藥物的臨床壽命越來越短，院內交叉感染增加。世界衛生組織曾發出警告：“濫用抗生素將使人類回到無抗生素的時代。”正是由于濫用抗生素，一些原本容易治療的細菌感染性疾病有了新的變化，原本有效的抗菌藥物已經不能有效控制感染了，一些致病菌耐藥性發生和傳播的勢頭令人瞠目。

濫用抗菌藥物對人體有如下危害：

誘發細菌耐藥：病原微生物為躲避藥物在不斷變異，耐藥菌株也隨之產生。目前，幾乎沒有一種抗菌藥物不存在耐藥現象。

損害人體器官：抗菌藥在殺菌的同時，也會造成人體損害，如影響肝、腎臟功能、胃腸道反應及引起再生障礙性貧血等。

導致二重感染：在正常情況下，人體的口腔、呼吸道、腸道都有細菌寄生，寄殖菌群在相互拮抗下維持著平衡狀態。如果長期使用廣譜抗菌藥物，敏感菌會被殺滅，而不敏感菌乘機繁殖，未被抑制的細菌、真菌及外來菌也可乘虛而入，誘發又一次的感染。

造成社會危害：濫用抗菌藥物可能引起一個地區某些細菌耐藥現象的發生，對感染的治療會變得十分困難，這樣發展下去，人類將對細菌束手無策。