藥用植物的性狀主要受遺傳因素、環境因素（如氣候、土壤、坡向坡度、水分、微生物等）及年齡因素影響。其中環境因素是決定性狀特征的關鍵，遺傳和年齡因素是基礎。藥用植物研究應以經驗鑒別為基礎，采用有效組分、基因鑒別、參考成分鑒別，先進的標準不一定是化學的，能用最基礎的方法鑒定就是最好的。

　　根及根莖類藥材

　　根類藥材大多數來源于草本的雙子葉或單子葉植物，少數為蕨類植物。就根部而言，沒有節、節間和葉，一般無芽。雙子葉植物根一般主根明顯，常有分支，通常為圓柱形或長圓錐形，少數根部細長，集生于根莖上，如威靈仙、龍膽等。單子葉植物根多為塊根，呈圓錐形或紡錘形等。根的表面常有紋理，有的可見皮孔。根類藥材上所附的根莖在外形上多與根有顯著不同，比較容易區別，如人參、桔梗上部的“蘆頭”以及龍膽、藜蘆的根莖部分等。有時根類中藥的上端為根莖，向下逐漸過渡為根，兩者之間在外形上無明顯的分界線，如當歸、防風、常山等。

　　根莖類藥材的外形常因類型而異，但外表面均與地上莖一樣有節和節間，單子葉植物尤為明顯，節上常有退化的鱗片狀或膜質狀小葉、葉柄基部殘余物或葉痕，有時可見幼芽或芽痕，莖上面或頂端常殘存莖基或莖痕，側面和下面有細長的不定根或根痕。

　　蕨類植物的根莖常有鱗片或密生棕黃色鱗毛，如狗脊等。

　　莖木類藥材

　　木質藤本植物的藤莖和木本植物的莖枝，多呈圓柱形或扁圓柱形，有的扭曲不直，粗細大小不一。表面多為黃棕色，少數具特殊顏色，如槲寄生呈黃綠色，雞血藤呈紅紫色。表面粗糙，可見深淺不一的裂紋及皮孔，并有葉痕及枝痕。質地堅實，斷面纖維性或裂開片狀。平整的橫切面木質部占大部分，具放射狀花紋和年輪，有的導管小孔明顯可見，如青風藤等，有的可見特殊的紋理，如雞血藤和大血藤等。

　　木類心材形成較早，位于木質部內方，蓄積了較多的次生代謝物質，如樹脂、樹膠、油類等成分，故藥用的多為心材部分，如沉香、降香、蘇木等。木類藥材多數呈不規則的塊狀、厚片狀或長條狀。表面顏色特異，如黃白色的沉香、紫紅色的降香、棕紅色的蘇木，有些木類中藥表面具有棕褐色樹脂狀條紋或斑塊，如沉香等。質地和氣味可幫助鑒別，如多數木類中藥質重，如沉香質重，具香氣；白木香質輕，香氣較淡。

　　皮類藥材

　　皮類藥材通常是指裸子植物或被子植物（其中主要是雙子葉植物）的莖干形成層以外部分入藥的藥材，少數為根皮。皮類藥材形態較特殊，在鑒定時要特別注意觀察皮片形態和折斷面的特征，依據這些特征可判斷皮內組織的組成和排列方式。如用抽心法（抽去木質部）制成皮類中藥牡丹皮為管狀，苦楝皮折斷時裂面形成明顯的層片狀。

　　葉類藥材

　　鑒別葉類藥材時，往往需要在水中浸潤展開后才能鑒別。要注意到葉的形態、大小、色澤、表面觀、葉脈、葉尖、葉緣、葉基、質地、葉柄的有無、長短，是否帶有細嫩莖枝，以及氣、味等。其中，葉類藥材的顏色，是指大量藥材所呈現的顏色，多為暗綠色或灰綠色，有時呈黃綠色或綠棕色，亦有特殊如紫蘇葉，下表面為紫色。葉的表面觀，一般指角質層的有無、厚薄；上、下表面毛茸的有無及分布；對日光透視時能否見到透明腺點（油室）及紅棕色木栓斑點（如桉葉）；放大鏡下觀察是否見有凹點狀腺鱗（如紫蘇葉）。

　　此外，還應注意到葉鞘及托葉的有無，葉柄的有無及形狀（平直、槽狀、扭曲等），葉柄是否具翼（如紫蘇葉）。測定葉類的“氣孔指數”常可用來區別不同種的植物中藥。測定“柵表比”亦可區別同屬不同種的中藥。由于同種植物的葉上“脈島數”是固定不變的，且不受植物生長的年齡和葉片的大小變化，故有時測定“脈島數”亦為鑒別特征之一。

　　花類藥材

　　花類藥材鑒別時，完整花要注意觀察花托、萼片、花辦、雄蕊（蓮須）和雌蕊的數目及其著生位置、形狀、顏色、被茸毛與否、氣味等。花序除單朵花的觀察外，還需注意花序類別（夏枯草為帶花的果穗）、總苞片或苞片等。花的某一部分注意區分是花的哪一個部位（番紅花為柱頭，蒲黃為花粉粒），再仔細觀察。特別注意“花粉粒”的形狀、大小、外表紋理、萌發孔的類型、數目等常因植物品種不同而異。對花期較長，花朵陸續開放的植物，分批采摘，以保證質量，應注意鑒別。花類藥材由于經過釆收、干燥運輸等，常皺縮、破碎而變形，如果肉眼不易辨認的，需將干燥的藥材先放入水中浸泡后，要用放大鏡或解剖鏡來識別。

　　果實及種子類藥材

　　首先要確定是果實還是果實的一部分，注意區分果實的類型和一般特征，如成熟或未成熟、真果或假果、單果、聚合果或聚花果、漿果、柑果或瘦果等。無論果實還是種子，主要注意觀察其形狀、大小、顏色、表面特征、氣味等，其中要特別注意表面特征，如表面的顏色、皺紋、有無附屬物等，種子的表面還要注意種臍、種脊、合點、種阜、假種皮（龍眼肉）等特征。果實的外部通常有些附屬物，如宿存的花被（地膚子）、花柱、花序或果柄等。此外，“鑲嵌細胞”為傘形科植物果實的共同特征。