黃連素是中成藥，其真正的學名叫做“鹽酸小檗堿”，是從黃連、黃檗中提煉出來的一種抗菌性生物堿。黃連素能對抗病原微生物，對多種細菌如痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌及白喉桿菌等都有抑制作用，其中對痢疾桿菌作用最強，常用來治療細菌性胃腸炎、痢疾等消化道疾病。用中醫學解釋，此類藥物性涼，能清除邪熱或虛熱，清除有害毒物，自古以來就是中醫手中的一味清熱解毒良藥。通常每次口服0.1~0.5克，每日三次。

在兩年多前，國家藥監局曾公布了一批停用的藥品，其中包括復方黃連素片和復方黃連素注射液，有媒體誤報黃連素已停用，引起了很大的誤會。所謂的“復方黃連素”，是按照地方標準生產的藥物，此次停用是因為“質量不可控”，該藥與我們常說的黃連素是完全不同的藥物。黃連素仍收錄于國家基本藥品目錄，使用非常安全。

雖然黃連素是良藥，但不可亂用，應正確選用。首先，對于全身性感染疾病，不適宜選擇黃連素，因為它口服吸收極差，幾乎停留在胃腸道，不易透過胃腸道進入血液，所以只適合胃腸消化道炎癥性疾病。

其次，腹瀉的原因很多，總體可分感染性腹瀉，多呈急性腹瀉;非感染性腹瀉，多呈慢性腹瀉。由上面對黃連素藥理作用的介紹可知，黃連素只適用于感染性腹瀉。胃腸感染表現可輕可重，輕者僅腹痛、腹瀉，重者會有惡心、嘔吐、發熱寒戰、食欲不振，嚴重時導致脫水、酸中毒、休克。一般而言，對輕型炎癥可以選用黃連素，對于重型則必須合用抗感染作用強的抗生素。

而慢性非感染性腹瀉的病因復雜，腸易激綜合征、潰瘍性結腸炎、營養不良、內分泌疾病、肝硬化、尿毒癥、過敏性疾病、癌癥等，都可以導致慢性腹瀉。對非感染性的腹瀉、腹痛，黃連素是毫無作用的。像常見的過敏性蕁麻疹胃腸型，如果不采取解除過敏綜合治療，僅用黃連素是控制不了腹瀉的。而腸易激綜合征的患者，在吃2~3片黃連素后，腹痛、腹瀉常常會消失，但這并非黃連素的功勞。因為腸易激綜合征是可自行緩解的疾病，但又是反復發病難以根治的病癥，其腹瀉癥狀的消失，與吃黃連素無關。

在日常生活中，有人為了避免腹瀉，在外出吃飯、游旅之時，提前吃上幾片黃連素，這種做法并不妥當。因為這樣做，可以說是一種對細菌的“挑逗”行為，會讓細菌產生耐藥性。而且預防的劑量通常都不會太大，細菌在與藥物抵抗中容易“獲勝”。如果經常這樣“鍛煉”細菌，只能使細菌“抵抗”經驗豐富，由弱變強，有害無益。

黃連素口服后，只停留在腸道內不被吸收，故不良反應很小。有科學家曾給小鼠按每千克體重8克的用量服用黃連素，24小時后尚有半數存活。如果換作60千克的人，相當于每天吃上接近250克黃連素。當然，“是藥三分毒”，口服黃連素后也可能會產生惡心、嘔吐、皮疹和藥物熱等不良反應。而且，由于黃連素具有一定的固澀止瀉作用，有的人在服用黃連素之后腹瀉可能是止住了，但繼之又發生了便秘。另外，經常服用黃連素易產生耐藥性，不僅不能消除腹瀉、腹痛，甚至還會加劇腹瀉、腹痛，以及其他一些想避免卻又忽視了的不良反應。