妊娠期用藥不當，可導致胎兒畸形和流產。因此，在整個妊娠期間，應注意用藥禁忌。

抗菌藥物 如四環素可致胎兒畸形、牙齒變黃，還能引起先天性白內障等。鏈霉素和卡那霉素可致先天性耳聾、腎臟受損。氯霉素可使新生兒肺出血。屬于氟喹諾酮類藥物的氧氟沙星、環丙沙星等，可阻礙蛋白質合成，應避免在妊娠期使用;甲硝唑有致突變作用，妊娠早期不宜使用;氯霉素可致灰嬰綜合征，妊娠期不宜使用。鏈霉素、慶大霉素、阿米卡星有可能影響胎兒聽力及損害腎功能，妊娠期間避免使用。另有報道，兒童應慎服氟哌酸，理由是此藥會影響兒童骨骼生長，因此孕婦也應該慎用此藥。

止痛退熱藥 目前認為阿司匹林、撲熱息痛是較安全的藥物，短期應用這些藥物無需禁忌，如需大量或長期應用，應在醫生指導下酌情減量。

抗腫瘤藥 如氨甲喋呤、白消安、6-巰基嘌呤和環磷酰胺可致胎兒顱骨骨化不全、腭裂、腦積水、指趾畸形。

激素類藥物 性激素易引起胎兒器官畸形。己烯雌酚可使女嬰男性化、男嬰女性化;孕酮、睪丸酮類激素可使女嬰男性化。腎上腺皮質激素也可引起胎兒各種畸形。

鎮吐藥 如異丙嗪、氯丙嗪、三氟拉嗪、氯苯甲嗪等，可致胎兒心臟發育受阻而患先天性心臟病。