由于藿香正氣水具有解表化濕、理氣和中的作用，所以，一般多用它治療因外感風寒、內傷濕滯所導致的霍亂吐瀉、發熱惡寒、頭痛身重、胸膈滿悶及脘腹疼痛等癥。其實藿香正氣在治療皮膚病方面效果也很明顯。

小兒痱子，取藿香正氣水1支按比例加涼開水或生理鹽水稀釋，稀釋濃度為：不滿3個月者，藥液與水比例為1：3；4個月~12個月者，藥液與水比例為1：2；超過1歲者，藥液與水比例1：1。用藥之前先用溫水將局部洗凈擦干，然后用消毒藥棉蘸稀釋后的藥液涂擦患處，每日2~3次。

蚊蟲叮咬，夏日若被蚊蟲叮咬，可用藿香正氣水外涂患處，半小時左右可減輕或消除瘙癢感。

癤，中醫一般分為暑癤和多發性癤病，認為是內郁濕熱、血熱或外受風熱暑邪而成，現代醫學認為是葡萄球菌感染所致。而藿香正氣水方中的紫蘇等成分有抑制葡萄球菌的作用，方中藿香芳香化濕；白芷發表、祛風、勝濕，故能散郁除濕治療癤及癤病。用法是用棉簽蘸藿香正氣水一日多次涂擦患部。

慢性蕁麻疹，口服藿香正氣水10毫升，每日3次，連服2周為1療程。若伴有喉頭水腫、休克、發熱者，近2周來曾用過皮質激素治療者以及陰虛火旺者不宜采用此方法。

白癜風，藿香正氣水有芳香通竅，促使氣行的作用。氣為血帥，氣行則血行，血行則瘀散。用法：每日用凈布蘸藿香正氣水涂擦患部，微微用力，反復蘸擦至皮膚微紅為度，1日2次。

外陰瘙癢，可將藿香正氣水用涼開水稀釋50倍后清洗外陰（男女皆可用），洗后不但瘙癢等癥狀緩解或消失，而且局部有清爽感。

濕疹，每日用溫水清洗患處后，直接用藿香正氣水外涂患處，每天3~5次，連用3~5天。

足癬，將患足用溫水洗凈擦干，將藿香正氣水涂于足趾間及其他患處，早晚各涂1次，治療期間最好穿透氣性好的棉襪、布鞋，保持足部干燥，5天為1個療程，一般1~2個療程即可見效。

另外也要提醒大家：不宜在服藥期間同時服用滋補性中成藥，有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者、孕婦或正在接受其他治療的患者，均應在醫師指導下服用。