奧美拉唑主要用于十二指腸潰瘍和卓-艾綜合征，也可用于胃潰瘍和反流性食管炎；靜脈注射可用于消化性潰瘍急性出血的治療。但是奧美拉唑與某些藥不能配伍。

1、與雙歧桿菌活菌合用

奧美拉唑屬于抗酸藥物，而雙歧桿菌活菌膠囊說明書中提到抗酸藥與本品合用時可減弱其療效。

2、與維生素B12合用

有研究報道稱服用奧美拉唑20mg/天，飲食中與蛋白質結合的維生素B12的吸收率從31%降至09%；服用奧美拉唑40mg/天，維生素B12吸水率從34%降至0.4%。由此推斷出，奧美拉唑可能減少胃腸對飲食中維生素B12的吸收，可能發生血液或神經病變。

3、與甲氨蝶呤合用

奧美拉唑通過抑制H+-K+ATP酶的活性來發揮作用，而甲氨蝶呤在腎臟排泄過程中需要質子。國外臨床數據顯示：奧美拉唑與甲氨蝶呤合用，尤其是與大劑量甲氨蝶呤合用時可能引起甲氨蝶呤其代謝物羥甲氨蝶呤血清水平升高和清除減慢，可能導致甲氨蝶呤毒性的發生。

4、與華法林鈉合用

在臨床隨即研究中發現，單劑量華法林應用容易忽視PPI對INR值的潛在影響，此外也有實驗表明某些患者同服奧美拉唑和華法林鈉時可導致出血風險。除此之外，奧美拉唑會抑制CYP2C19酶，會增加華法林鈉的血漿濃度，延緩華法林鈉在體內的消除。

5、與苯二氮卓類合用

臨床試驗分析得出結論，奧美拉唑可能通過抑制肝臟細胞色素P450酶而減弱地西泮的代謝。也有報道稱奧美拉唑與三唑侖和氟西泮聯用，容易發生共濟失調現象，這可能是三唑侖和氟西泮的中毒征象。由此看來，奧唑可能升高苯二氮卓類藥物的血清濃度及作用，可能出現毒性反應并可以減弱其在的氧化代謝。

6、與地高辛合用

臨床數據顯示：奧美拉唑和地高辛合用后使得地高辛血藥濃度升高10%。可總結為奧美拉唑可降低胃液酸度，可能減少地高辛水解，增加其吸收。胃液pH值<3時，地高辛在胃內水解，導致活性降低或喪失。

7、與卡馬西平合用

國外臨床試臉研究發現，口服卡馬西平的患者，加用奧美拉唑時，卡馬西平的藥時曲線下面積顯著升高，半衰期顯著延長清除率顯著下降，增強其藥理作用，可出現惡心、嗜睡、眼球震顫、共濟失調及其他小腦癥狀等中毒反應特征。

8、與鹽酸麻黃堿合用

奧美拉唑可影響鹽酸麻黃堿在尿中的排泄，增加鹽酸麻黃堿的半衰期，延長作用時間，特別是容易出現尿保持堿性數日或更長的情況，患者容易出現麻黃堿中毒的現象。