通常導致藥物變質的外界因素主要有陽光、空氣、溫度、濕度、真菌、害蟲六大因素。

在日光照射下，有些藥物常會發生一些化學變化，一些含色素的藥物容易改變顏色而影響質量；含揮發油的藥物，可因日光照射而加速揮發油的散失，以導致降低質量。另外，還有一些藥物，如維生素D，長時間受光照的話，會發生化學反應而生成有毒的物質。所以陽光是導致藥物變質的一個重要因素。貯存藥品前，應盡量存放在陽光不能直接照射的地方，且通常采用深色的容器貯藏。

空氣中的氧氣和二氧化碳常可影響許多藥物的質量，例如腎上腺素、苯酚、乙醚等在空氣中極易被氧化而變質；有些含有揮發油的藥物，在空氣中容易揮發，如麝香等；一些含揮發油、脂肪、糖類的藥物在空氣中容易被氧化，會出現浸油狀的變質現象，習稱泛油，如當歸、柏子仁、麥冬等；又如氯石灰（漂白粉）在有濕氣存在的條件下，可以吸收空氣中的二氧化碳，放出氯氣，而使藥物變質。因此，貯藏這些藥物時，通常應按規定的條件密封保存。

溫度是造成藥物變質的常見因素之一。一般在室溫25℃時，含糖及黏液質的藥物容易變質及發霉、生蟲，含脂肪的藥物則容易酸敗，如糖參、玉竹、杏仁等；動物膠類藥材及干燥葉汁在30攝氏度或濕度過大時，會變軟進而黏結甚至融化，呈粘稠流體狀的變質現象，如阿膠、蘆薈等；含有揮發性成分的藥物，如含揮發油的生藥——丁香、桂皮、細辛、薄荷等，都要避免受高溫影響；各種生物制劑、酶制劑、疫苗血清等藥品必須在較低的溫度下貯存，溫度過高會使其蛋白質變性而使藥效變低。

在潮濕的空氣中，藥物可以吸收空氣中的水分，發生霉變或分解。如相對濕度達75%時，含淀粉、黏液質、糖類的藥物及炒焦、炒炭的藥物容易吸收空氣中的水分而分解變質或促使真菌生長，如山藥、地黃等。無機鹽類結晶形礦物藥材，在相對濕度達75%以上時，會吸收空氣中的水分而部分溶化，習稱潮解；在相對濕度低于45%時，由于空氣干燥，逐漸失去結晶水變成非結晶形粉末，習稱風化，如芒硝等。又如糖衣片吸水后，糖衣會變色；糖漿劑在濕度較大的環境中易發霉、生蟲；粉末藥物受潮則易粘連成塊。

通常在一定的溫度和濕度條件下，真菌很容易生長。真菌能促使多數藥物分解變質，失去療效。尤其是富含營養的藥物較易生霉，如淡豆豉等，這類藥物必須妥善保管。

害蟲對于藥物的影響，主要體現在一些中藥材上，在適宜的溫度下，一些藥材攜帶的蟲卵會被孵化，導致藥材發生蟲蛀。蟲蛀會使藥材氣味流失，降低療效；而且害蟲將蟲尸、糞便留在孔洞內，會污染藥材。在貯藏藥物時應注意防蟲。